Memarlıq və Mühəndislik fakültəsi
İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültəsi
Tibb fakültəsi
Pedaqoji fakültə
Təbiətşünaslıq və Kənd Təsərrüfatı fakültəsi
Xarici Dillər fakültəsi
Beynəlxalq Münasibətlər və Hüquq fakültəsi
Fizika-Riyaziyyat fakültəsi
Tarix-filologiya fakültəsi
Magistratura və Doktorantura Mərkəzi
İncəsənət fakültəsi
Əcnəbi təhsilalanlar və hazırlıq mərkəzi
Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Dövlət Texniki Kolleci
Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Tibb Kolleci
İqtisadiyyat və İdarəetmə fakültəsi (2-ci korpus)
NSU International school
Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində Naxçıvan Musiqi Kolleci